一旦主要局限于医疗保健环境，这些抗性细菌菌株现在常见于其他地方，特别是海洋环境。迄今为止，很少有研究关注从野生动物种群中分离的病原体中抗生素耐药性的长期趋势。

佛罗里达大西洋大学海港分会海洋学研究所与乔治亚水族馆，南卡罗来纳医科大学和科罗拉多州立大学合作，对从宽吻海豚(Tursiops)分离的病原体进行了一项独特的长期研究(2003年至2015年)。 truncatus)在佛罗里达州的印第安河泻湖。这个泻湖拥有大量的沿海人口和重大的环境影响。

“在2009年，我们报告野生海豚抗生素耐药率很高，这是出乎意料的，”主要作者，FAU海港分会流行病学家Adam M. Schaefer说。“从那以后，我们一直在跟踪变化，并发现这些动物的分离物中抗生素耐药性显着增加。这一趋势反映了人类卫生保健机构的报告。根据我们的研究结果，这些海豚分离物很可能来自来自经常使用抗生素的来源，可能通过人类活动进入海洋环境或从陆地来源排放。“

利用13年的数据和多重抗生素抗性(MAR)指数，研究人员从171只个体宽吻海豚中共获得了733种病原体分离物。从这些动物中分离出的几种生物是重要的人类病原体。

发表在“水生哺乳动物”杂志上的研究结果表明，733株分离株对至少一种抗生素的耐药率总体为88.2%。红霉素(91.6%)的耐药率最高，其次是氨苄青霉素(77.3%)和头孢噻吩(61.7%)。这是少数使用MAR指数研究海洋哺乳动物细菌分离物的研究之一。

大肠杆菌分离株中对环丙沙星的耐药性在采样期间增加了一倍以上，反映了人类临床感染的最新趋势。负责呼吸系统感染，尿路感染等的铜绿假单胞菌是任何生物体中记录最高的，并且在研究期间增加。

在2003-2007和2010-2015期间，对于铜绿假单胞菌和溶藻弧菌，MAR指数显着增加，这是一种常见的致病性海洋弧菌，可导致严重的海鲜中毒。对于所有细菌分离物，在采样期间对头孢噻肟，头孢他啶和庆大霉素的抗性显着增加。