EFSA发布了两份报告，提供了全基因组测序(WGS)如何用于食品安全以及欧洲如何广泛使用此类技术的图片。

WGS越来越多地用于公共卫生和食品安全实验室，但它在不同的国家以不同的方式用于不同的目的。WGS使用情况调查

欧洲食品安全局和欧盟委员会于2016年就欧盟/欧洲自由贸易联盟国家动物，食品，饲料及其环境中分离的食品和水源病原体使用WGS进行的调查结果包括：

- 截至2016年底WGS已经在30个国家中的17个国家的实验室中使用。- 不使用WGS的主要原因是缺乏专业知识和财务资源。- WGS主要用于支持疫情调查。

ENGAGE项目“建立下一代欧洲基因组学分析测序能力”项目的最终报告(ENGAGE)包括所有里程碑的描述 - 包括细菌序列的公开发布，科学出版物，基准测试练习，研讨会，培训和e-学习资料。

该项目由EFSA共同资助，旨在促进欧洲实验室之间的科学合作，将WGS用于食品安全和公共卫生保护。所有生产的材料都可以在报告和ENGAGE网站上找到。