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(1)氨中毒学说：

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(2)假神经递质学说：

肝功能不全时，导致一些与去甲肾上腺素和多巴胺极为相似的假性神经递质(生理效能较真性神经递质弱)如苯乙醇胺、羟苯乙醇胺在网状结构的神经突触部位堆积，使神经突触部位冲动的传递发生障碍，从而引起神经系统的功能障碍而导致昏迷。

(3)氨基酸不平衡与肝性脑病：

在严重肝功能损伤和有门腔静脉短路条件下，血中支链氨基酸(缬氨酸、亮氨酸、异亮氨酸)浓度明显降低，芳香族氨基酸(苯丙氨酸、酪氨酸、色氨酸)明显增高，(支链氨基酸/芳香族氨基酸比值下降)当大量芳香族氨基酸进入脑细胞，使假性神经递质生成增多，并抑制去甲肾上腺素合成，最终导致肝性昏迷。

(4)γ-氨基酸(GABA)学说：

肝功能衰竭时，肝不能清除肠源性GABA，使血中GABA浓度增高，造成中枢神经系统功能抑制。